注册环保工程师考试在原则上为每年举办一次。考试内容由基础考试和专业考试两部分组成，参加基础考试合格并符合相关规定的考试报名条件的考生，才可以参加专业考试。专业考试合格后，方可获得《中华人民共和国注册环保工程师资格证书》。

注册环保工程师考试的教材包括一个考试大纲和两门考试用书，分别为：

《注册环保工程师考试大纲》

《注册环保工程基础考试》

《注册环保工程师专业考试》

基础考试分为公共基础部分和专业基础部分，其中公共基础部分包含11个科目：高等数学、普通物理、普通化学、理论力学、材料力学、流体力学、计算机应用技术、电工电子技术、工程经济、信号与信息技术、法律法规；专业基础部分包含6个科目：工程流体力学与流体机械、环境工程微生物学、环境监测与分析、环境评价与环境规划、污染防治技术、职业法规。

专业考试共包含9个考试科目：环境法规与标准、水污染防治工程技术、污水处理与再生利用工程实践、大气污染防治工程技术、大气污染防治工程实践、固体废物处理处置工程技术、固体废物处理处置工程实践、物理污染控制工程技术、物理污染控制工程实践。